Совесть - это точно такой же природный механизм, выработавшийся в процессе естественного отбора.
У животных он существует в виде набора базовых инстинктов, причем чем более высокоорганизован тот или иной вид, тем более сложными действиями сопровождаются эти инстинкты: материнский инстинкт, инстинкт защиты потомства, инстинкт продолжения рода, инстинкт сохранения вида (защиты себе подобных), и пр.
А у человека он приобрел тот вид, который мы называем совестью: это те же самые базовые инстинкты (которые присутствуют в полном объеме), но плюс к ним еще и система моральных оценок, ценностей и стереотипов поведения, закладываемых в детстве.

Человек именно тем и отличается от всех остальных высших животных, что все его поведение есть результат закладки в голову извне.
Это крокодильчики или черепашата вылупляются из яйца уже с полностью сформированными программами поведения на все случаи жизни, до самой смерти.
И им не требуется ни обучения, ни примера взрослых.
А детеныш антилопы через пару минут уже стоит на ногах и может сам искать вымя и сосать молоко.
Детеныш человека же тратит годы на то, чтобы обучиться всему тому, что знают его сородичи.
И довольно близки к нему в этом отношении высшие приматы.

Я уже сказал, что в основе совести лежат базовые инстинкты. Они есть у каждого ребенка (если он не генетический урод). Но если ребенок не вырастет среди себе подобных, то он не будет знать, что делать с этими инстинктами. Они будут как компьютерный софт, который хранится на диске, но соответствующим образом не активирован.
У многих животных роль этой активации выполняет такая функция, как импринтинг. В момент рождения детеныш (например, утенок, или котенок, или щенок) должен увидеть и услышать свою маму. Этот образ "впечатывается" в его мозгу, как эталон (отсюда импринтинг - впечатывание), которому с этой секунды детеныш начинает подражать и копировать его поведение. Это инстинкт подражания. Таким путем он приобретает недостающие навыки поведения.
Например, когда у него просыпается охотничий инстинкт - мама будет его обучать охоте. А когда у него проснется свой родительский инстинкт - он будет копировать поведение своей мамы.
Если вместо мамы-утки (или собаки, или львицы) его подложить к другой маме, он будет слушаться и копировать ее. А у суррогатной мамы, в свою очередь, включится материнский инстинкт, и мама-колли, например, может воспитывать льва. Или наоборот.

Но если детеныша с рождения лишить общества, то его инстинкты не примут форму никакого конкретного поведения. В 60-х годах проводили опыты над обезьянами: если самку, выращенную в одиночестве, приводят к самцу, то она на него не реагирует, как на полового партнера. Если ее все же оплодотворят и она родит детеныша, то она не знает, что с ним делать, и он погибает, если его не отдать другой самке.

У человека то же самое, только видов поведения и мотивации у него еще больше. И иначе, как в обществе (семье) он вырасти не может (лишенный себе подобных, он вырастет дебилом, и ни о какой совести речи не будет).

Есть у людей такое свойство: эмпатия. Или проще - сочувствие, сопереживание.
У людей оно имеет достаточно сложную эмоциональную окраску, поскольку при сочувствии неизбежно включается воображение (человек ставит себя на место другого). Например, я вижу человека, который порезал палец - и я легко могу представить себя на его месте, мысленно вообразить, что мне тоже больно.

В действительности же это свойство точно так же базирыется на врожденном инстинкте. Способностью чувствовать положительные и отрицательные эмоции друг друга обладают все развитые животные. Это необходимый механизм выживания в природе: чувствуя боль другого, животные, во-первых, могут избежать опасности, а во-вторых, попытаются помочь, если им это по силам.
Этом свойством обладают даже маленькие дети: еще ничего не понимая, они уже умеют распознавать положительные и отрицательные эмоции взрослых (особенно - матери). Когда мама смеется - они тоже смеются. Если мама заплачет - ребенок начинает плакать тоже. Если взрослый, играя, притворится, что ушиб пальчик и ему больно - ребенок тут же готов расплакаться, и пытается по-своему его утешить.
Это и есть основа. Нормальное и естественное развитие совести - это реакция на отрицательные эмоции другого человека, как на свои собственные.
Человек не может сделать  плохо другому человеку, потому что сочувствует , сопереживает ему, как самому себе.

Но можно вместо этого инстинкта (эмпатии) использовать другой инстинкт, не менее древний. Страх. Страх боли, страх смерти. Можно выдрессировать собаку, льва,  ребенка так, что они не будут делать другим людям плохо из страха быть наказанными.
Наказание может быть любым - от чисто психологического (мама огорчится, Бог не возьмет к себе) и до физического (розги, ремень, тюрьма, адские муки).
И наоборот - награда за правильное поведение (пряник, Царство Божье).
Кнут и пряник.