Самаритяне считают себя потомками жителей Израильского царства, точнее, колена Иосифа, разделившегося на колена Ефрема (Эфраима) и Манассии (Менаше). Название народа и обозначение всей центральной части Палестины — Самария — происходит от названия последней столицы Израильского царства, основанной царем Амврием (Омри) и разрушенной Ассирией. Согласно иудейской традиции, самаритяне — потомки кутиев, переселённых Ассирией на территорию бывшего Израильского царства.
Сильные культурные различия евреев севера и юга Ханаана имели место ещё с древнейших времён, но после возвращения евреев из Вавилонского плена произошло окончательное размежевание евреев и самаритян[источник не указан 429 дней], сопровождавшееся взаимной враждой. Библейское выражение «добрый самаритянин» в эпоху Нового завета звучало как злая шутка[источник не указан 429 дней].
После завоевания Иудеи Александром Македонским самаритяне под руководством Санваллата построили храм на горе Гризим, два века спустя его разрушил хасмонейский царь Йоханан Гиркан. После разрушения Второго храма самаритяне стали доминирующим этносом Палестины[источник не указан 522 дня]. В V—VI веках дважды провозглашалась независимость от Византии, но оба раза восстания были подавлены, а большая часть самаритян приняла христианство. В последующие века численность самаритян сокращалась (главным образом за счёт перехода в ислам), к 1917 году их оставалось 146 человек. В 1954 году все самаритяне Израиля, кроме живших в Шхеме, были переселены в Холон. Когда в 1993 году было принято решение вывести израильские войска из Шхема, шхемские самаритяне потребовали, чтобы на район Кирьят-Луза распространился статус израильского поселения, но в этой просьбе израильское правительство им отказало. В то же время на самаритян распространяется «Закон о возвращении», поэтому все самаритяне имеют израильское гражданство и, при желании, могут переселиться в Израиль.
Самаритянка Софи Цдака является известной израильской актрисой (в основном — исполнительницей детских и «сказочных» ролей) и певицей, в прошлом — королева красоты Израиля.
До недавнего времени самаритяне заключали браки только внутри общины. В связи с возникшими из-за этого проблемами руководители общины разрешили жениться на прошедших процедуру обращения еврейках и караимках, а затем — и на христианках.
В Палестинском законодательном совете первого созыва (1996—2006) за самаритянами был закреплен один депутатский мандат в округе Наблус. Депутатом от самаритянского меньшинства был избран Салум Исхак ас-Самири.